東源縣的前身為原河源縣的主體。河源縣成立于南朝齊永明元年（483年），立縣1500余年。1988年1月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，河源撤縣建市，將原河源縣東埔鎮(zhèn)、埔前鎮(zhèn)、源城鎮(zhèn)和高埔崗農(nóng)場(chǎng)3鎮(zhèn)1農(nóng)場(chǎng)劃為源城區(qū)，其余24個(gè)鄉(xiāng)鎮(zhèn)劃為郊區(qū)。1993年11月8日，經(jīng)國(guó)務(wù)院民政部批準(zhǔn)撤銷河源市郊區(qū)，建立東源縣，縣城設(shè)在仙塘鎮(zhèn)木京村。經(jīng)省民政廳批準(zhǔn)，2002年撤銷久社鎮(zhèn)，其轄區(qū)劃歸黃田鎮(zhèn)；2003年撤銷三河鎮(zhèn)和黃沙鎮(zhèn)，其轄區(qū)劃歸船塘鎮(zhèn)；全縣下轄鎮(zhèn)20個(gè)、民族鄉(xiāng)1個(gè)，行政村258個(gè)、社區(qū)居委會(huì)29個(gè)。
1988年1月，經(jīng)國(guó)務(wù)院批準(zhǔn)，撤銷河源縣，設(shè)立河源市。原河源縣轄區(qū)劃分為河源市源城區(qū)和河源市郊區(qū)，源城區(qū)轄源城、東埔、埔前3個(gè)鎮(zhèn)和高埔崗國(guó)營(yíng)農(nóng)場(chǎng)；河源市郊區(qū)轄仙塘、燈塔、順天、駱湖、上莞、曾田、柳城、船塘、黃村、葉潭、藍(lán)口、康禾、黃田、義合、錫場(chǎng)、新港16個(gè)鎮(zhèn)及雙江、澗頭、黃沙、三河、漳溪、久社、新回龍、半江8個(gè)鄉(xiāng)。
1993年11月，撤銷河源市郊區(qū)，設(shè)立東源縣，轄原郊區(qū)16個(gè)鎮(zhèn)8個(gè)鄉(xiāng)。縣城設(shè)在仙塘鎮(zhèn)木京村。
1994年1月，經(jīng)省政府批準(zhǔn)，雙江、澗頭、黃沙、三河、漳溪、久社、新回龍、半江8個(gè)鄉(xiāng)改為鎮(zhèn)，東源縣共轄24個(gè)鎮(zhèn)。
1999年7月，撤銷漳溪鎮(zhèn)設(shè)立漳溪畬族鄉(xiāng)，全縣轄23個(gè)鎮(zhèn)1個(gè)民族鄉(xiāng)。
2002年12月，撤銷久社鎮(zhèn)并入黃田鎮(zhèn)。2003年7月，撤銷三河鎮(zhèn)和黃沙鎮(zhèn)，并入船塘鎮(zhèn)。
2004年, 東源縣撤并28個(gè)村委會(huì)。至年底，轄20個(gè)鎮(zhèn)1個(gè)民族鄉(xiāng)，下設(shè)258個(gè)村委會(huì)，25個(gè)社區(qū)居委會(huì)，1878個(gè)村民小組。
2005年，撤并村民小組，全縣轄20個(gè)鎮(zhèn)，1個(gè)民族鄉(xiāng)，下設(shè)258個(gè)村委會(huì)，29個(gè)社區(qū)居委會(huì)。至2022年底，區(qū)劃未變。
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